• Fiebre elevada (39,4 ºC—41,1 ºC).
• Letargo.
• Escaso rendimiento.
• Anorexia.
• Tos seca y ronca.
•  Respiración rápida y dificultosa.
• Aumento de tamaño de los ganglios linfáticos mandibulares.
•  Edema en las extremidades.
• Secreción nasal que puede variar desde acuosa a color amarillo verdoso.
• Secreción ocular.

Los síntomas de la gripe equina son los mismos que aparecen también en otras enfermedades respiratorias, como la papera equina, la infección por los herpesvirus equinos de tipo 1 y 4, la infección por estreptococos y la neumonía bacteriana  Sin embargo, una vez se han descartado otras causas más graves de una infección respiratoria, el diagnóstico de gripe en caballos sin vacunar se suele hacer basándose en los antecedentes y en el síntoma clínico de la tos seca característica de esta enfermedad. Puesto que los caballos vacunados pueden presentar sólo síntomas relativamente leves y eliminar muy pocos virus, para llegar a un diagnóstico exacto es imprescindible tomar muestras nasales con hisopos para hacer un aislamiento del virus.

Los caballos afectados se tienen que aislar y dejar en reposo absoluto en un entorno libre de polvo y bien ventilado, lo que constituye la parte más esencial del tratamiento. A veces es necesario mejorar la palatabilidad del alimento para facilitar su deglución por parte del animal; esto se logra, por ejemplo, con un pienso blando o heno de calidad húmedo. Se pueden administrar antiinflamatorios para reducir la fiebre y si aparece una infección bacteriana secundaria, se acompañarán también de antibióticos. No se permitirá que el caballo haga ejercicio intenso hasta dos semanas después de haber cesado los síntomas.

La vacunación es la principal herramienta para prevenir o reducir los síntomas de gripe equina. La primera vacunación se realiza con dos aplicaciones separadas por 4-8 semanas y después se aplica una dosis anual de recuerdo. Sin embargo, otros factores que aumentan el riesgo de exposición, como las competiciones u otras concentraciones equinas, pueden aconsejar revacunar cada seis meses en lugar de una vez al año. Todos los caballos que entren por primera vez en unas instalaciones deben de someterse a análisis serológicos para determinar si necesitan una vacunación de recuerdo o no.

También es fundamental aplicar unas buenas prácticas de manejo e higiene para reducir la difusión de las partículas víricas. Se deben aplicar medidas de higiene periódicamente, consistentes, por ejemplo, en desinfectar los vehículos de transporte, los cubos y demás equipo. Los cuidadores también se deben lavar las manos con frecuencia. Cualquier caballo con síntomas de gripe se debe aislar inmediatamente para reducir el riesgo de contagio de la infección a los otros caballos.